ADT：全原子扩散标记器，用于三维分子结构

arXiv:2610.23265v1 公告类型：新 摘要：离散结构标记化为自回归三维分子生成提供了一条有前景的路径。然而，现有标记器在紧凑表示与全原子重建之间面临权衡：原子级标记能够保留原子细节，但会产生较长的序列；而紧凑的残基级蛋白质标记通常会忽略侧链几何结构。为克服这一局限，我们提出全原子扩散标记器（ADT），将标记粒度与重建分辨率解耦。对于小分子，ADT为每个原子使用一个结构标记；对于蛋白质，则为每个残基使用一个同时表示主链和侧链几何结构的标记。为减轻量化引入的几何失真，我们利用扩散模型的生成能力，在离散标记确定性解码的基础上恢复细粒度的原子几何结构。在小分子和蛋白质上的大量实验表明，ADT能够从紧凑的离散表示中实现高质量重建，同时支持小分子和全原子蛋白质结构的高质量自回归生成。这些结果表明，紧凑结构标记可以作为全原子分子重建与生成的有效离散接口。